Un misterioso gene è stato scoperto nel codice genetico del nuovo coronavirus. ORF3d è stato identificato da un team di ricercatori – che ha pubblicato lo studio sulla rivista scientifica eLife – ed è un gene nascosto nel genoma stesso del virus, cioè un gene sovrapposto.
Lo studio è stato condotto da Charles Nelson, un ricercatore nell’area della biodiversità presso l’Institute of Comparative Genomes presso l’American Museum of Natural History, che considera questa scoperta come la prova che c’è ancora molto che non sappiamo sulla SARS-CoV-2.
“Il mancato rilevamento di geni sovrapposti ci mette a rischio di perdere importanti aspetti della biologia del virus. La sovrapposizione dei geni potrebbe essere uno dei modi in cui i coronavirus si sono evoluti per replicarsi in modo efficiente, aggirare l’immunità dell’ospite o essere trasmessi“, afferma il ricercatore.
L’esistenza di geni sovrapposti è una situazione ricorrente nella composizione del virus. Secondo Charles Nelson, è molto probabile che i virus creino questo tipo di codifica genetica. Tuttavia, la loro identificazione è complicata, poiché i sistemi di test genetici non sono preparati per identificarli, concentrandosi solo sui singoli geni.
Secondo i ricercatori, il gene stesso che è stato ora identificato era già stato erroneamente caratterizzato come un gene non correlato – chiamato ORF3b – presente anche in altri coronavirus. Questo gene è stato registrato in un database come associato a una sola variante del virus, che colpisce i pangolini in Cina. Tuttavia, i ricercatori sostengono che non è lo stesso gene. “I due geni non sono correlati e codificano proteine completamente diverse. Ciò significa che la conoscenza di SARS-CoV-2 ORF3b non dovrebbe essere applicata a SARS-CoV-2 ORF3d“, spiega Charles Nelson.
Cosa fa questo nuovo gene?
La funzione specifica di questo gene non è ancora nota e il fatto che sia stato rilevato solo ora – quasi un anno dopo essere stato identificato a Wuhan – è un “grave punto cieco” nella conoscenza del virus.
“Non sappiamo ancora la sua funzione o se ha un significato clinico. Ma prevediamo che è relativamente improbabile che questo gene venga rilevato da una risposta dei linfociti T, in contrasto con la risposta anticorpale. Forse questo ha qualcosa a che fare con la sua origine”, chiede il ricercatore.
Analizzando il sangue di pazienti che in precedenza avevano il Covid-19, i ricercatori hanno scoperto che ORF3d induce una forte risposta del sistema immunitario. Tuttavia, resta da vedere se contribuisce all’attivazione dei linfociti T, le cellule della memoria che riconoscono l’agente patogeno e attivano una risposta anticorpale più rapida.
La scoperta di questo gene apre una nuova porta per lo studio di più geni sovrapposti al SARS-CoV-2, nonché delle funzionalità che hanno per la riproduzione del virus, poiché la dimensione del genoma di SARS-CoV-2 è “tra i virus a RNA più lunghi che esistono“, il che significa che questi virus possono essere “più inclini a ‘trucchi genomici’ rispetto ad altri virus simili“.
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